1942 — в Москве был создан Авиаотряд Министерства авиационной промышленности (Лётный отряд специального назначения) для обеспечения срочных доставок запасных частей и агрегатов на заводы во время Великой Отечественной Войны. Первые полеты выполнялись самолетами Ли-2 и По-2, а центральным аэродромом был выбран аэродром Куйбышев, затем — аэродром в Захарково.
1962 — аэродром в Захарково закрылся, место базирования перенесено в аэродром Мячково. Стали поступать самолёты нового поколения Ан-8, Ан-12, а в связи с интенсивным развитием, часть техники была переведена в Домодедово.
К концу 1976 года практически все самолеты Ли-2 были списаны и заменены на Ил-14, количество которых достигло 16.
1986 — преобразование предприятия в производственное объединение «Транспортная авиация». К имеющимся машинам типа Ил-14, Ан-8 и Ан-12 добавились Ан-26 и Ил-76Т.
1989 — летный отряд вышел на международные авиационные перевозки: на самолетах Ан-32 и Ан-12 были осуществлены полеты по контракту в Либерии и Перу. Самолеты Ил-76 выполняли полеты для стран Европы, Азии и Африки.
1990 — ПО «Транспортная авиация» стало независимым предприятием «Авиатранс» и занялось чартерными перевозками. На тот момент имелось 20 самолётов (6 из них Ил-76). К этому году компания получила право на выполнение внутренних и международных полетов, став первой независимой авиакомпанией в СССР.
1991 — авиакомпания «Авиатранс», созданная на базе ПО «Транспортная авиация», зарегистрирована в ИКАО. К этому году численность самолетов составила 20 ед., среди которых восемь единиц Ан-12 и шесть единиц Ил-76.
1997 — авиакомпания выполняет полеты под зарегистрированной маркой «АТРАН».
1998 — становится лауреатом премии «Крылья России» в номинации «Авиакомпания года- грузовой перевозчик на внутренних и международных линиях».
2006 — преобразование компании в ООО «АТРАН».
2012 — подписан договор об операционном лизинге и осуществлена поставка
2013 — подписан договор об операционном лизинге и осуществлена поставка
2016 — подписан договор об операционном лизинге и осуществлена поставка
2017 — «АТРАН» осуществляет регулярную ежедневную транспортировку экспресс грузов, а также выполняет чартерные рейсы. Флот авиакомпании состоит из
2018 — принято решение о развитии флота. В декабре флот компании пополнился
2019 — «АТРАН» стал эксплуатантом первого в России конвертированного В737-800F.
2020 – 2022 — расширение флота В737-800F, спасительная логистика во время пандемии COVID-19 и доставка жизненно важной продукции, в том числе вакцин.
2023 — возобновление грузовых перевозок на Ан-12БП для обеспечения северных регионов жизненно важными товарами и грузами.
